Gentoon USE-flagit ovat käteviä ja ongelmallisia, jos ei osaa jo ohjelmaa asentaessa ottaa huomioon mitä ohjelman ominaisuuksia tarvitsee ja haluaa. Jos ohjelman ominaisuuden x määrittävää USE-flagia ei ole määritetty, ei kyseistä ominaisuutta ole ohjelmassa käytettävissä.

Puutteellisten USE-flag asetusten huomasin taas kerran, kun asentelin KMailin ja yritin kirjautua SASL-authentikaatiota tukevaan IMAP-laatikkoon. Virheilmoitus ”SASL authentication is not compiled into kio_imap4” kertoi kaiken ja komentamalla ”echo ”kde-base/kdepim-kioslaves sasl” >> /etc/portage/package.use” ja ”emerge kdepim-kioslaves” kaikki taas toimi kuten pitikin.