Usein X-ikkunoinnin käynnistyessä on tarvetta ajaa erilaisia komentoja kuten esimerkiksi xmodmap. Tämä onnistuu muutamalla eri tavalla, kuten liittämällä komentojen ajaminen ikkunointimanagerin käynnistymiseen tai kirjautumisen yhteyteen. Gentoo Wikin mukaan useimmissa tapauksissa on kuitenkin yksinkertaisinta lisätä komennot .xprofile -tiedostoon.
Käyttäjän kotihakemistossa sijaitseva .xprofile ajetaan X:n käynnistymisen jälkeen ja on riippumaton X:n käynnistymistavasta (esim. KDM, GDM, xstart, xinit).
~/.xprofile voi näyttää vaikka tältä:
xbindkeys xmodmap .Xmodmap
Aivan kaikkiin tapauksiin ~/.xprofile ei sovellu, sillä esimerkiksi conky jää piiloon KDE:n käynnistyessä. Conky ja muut KDE:n käynnistyessä ajettavat komennot voidaan ajaa tekemällä esimerkiksi ~/.kde/Autostart/basic -tiedosto:
#!/bin/bash conky
Lisäksi kyseiselle tiedostolle kannattaa komentaa chmod u+x.
Nyt halutut komennot ajetaan aina X:n käynnistyessä käytettävästä ikkunointimanagerista huolimatta.